木化石作为一种树木化石，既具有观赏石的一些特征，还具有一定的科研性，因此，在收藏和鉴赏时应综合地去认识了解。笔者认为一般应从两个方面入手：一是从其奇特的树木特征和科学性方面，二是从传统和现代赏石观方面。
从树木特征和科学性方面认识时，首先把握木化石的原生状态，所谓原生状态，是指树木的树干、树杈、树根、树结、蛀孔、年轮等保存完整，简单地说就是越像树木越好，越奇越好。一般来说，有四五个杈的优于一二个杈的，有十几、二十多个蛀孔的优于四五个蛀孔的，有年轮的要好于没年轮的。因为这样的木化石一般比较少见，符合物以稀为贵的原则，故收藏和科研价值也比较高。值得注意的是：近几年在新疆奇石市场，产于哈密沙尔湖的木化石由于其表层风沙磨砺的木化石早在2001年就已采拾一空，目前出产的都是从地层中挖出来的，一般都保存了原生状态，树形完整，但经过了酸洗、打磨、粘贴等，故收藏价值不高，同时，该木化石出产地埋藏的木化石估计有上万吨，资源量巨大，也就失去了物以稀为贵的原则。
其次，在收藏中应注意树木在硅化、铁化、钙化过程中所产生的一些特殊化学变化。例如，在一些木化石中有琥珀化石和晶洞、石英脉等；一些木化石由于两种液体的不同成分形成一部分硅化，另一部分铁化、钙化；或一部分石英、方解石、黄铁矿等与木化石共生，一些树根和其上的须根以及树石相连的，以及一些枯木形成的木化石，这样的木化石比较稀少，也很奇特，是比较珍贵的。总之，在收藏中应坚持越像树木越好和以奇为贵的原则。同时在收藏中也要认真辨别真假化石，模树石在新疆比较多见，在岩石表面有氧化锰薄膜而成树枝状，有些人以为是树枝化石，当然一些图案非常美丽的作为奇石也具有一定的收藏价值。
新疆地区由于多荒漠戈壁，昼夜温差比较大，且多风沙天气，而木化石又多分布在人迹罕至的沙漠戈壁。当木化石由于地壳运动暴露出地表时，又受到风沙研磨和水冲等物理作用发生了一些物理变化，在这种物理作用下，一些 木化石改变了其原有的形态，失去了一些树木特征，有时只能根据其树木纹理来判断。这种经过物理变化的木化石，极少部分形成具有一定形状和造型的奇石，由于其硅化、铁化、钙化的程度不同，硬度也各不相同，一般来说，硬度高，风蚀的强度就弱，物理变化也就少；硬度低，风蚀的强度就高，物理变化也就越大。在木化石中，硅化木硬度最高，铁化、钙化木次之，就是在硅化木中硬度也各不相同。目前新疆木化石中一般玛瑙质硅化木硬度最高，可达到摩氏7度，棕色、黄色的依次次之。在新疆木化石中，硬度越高光洁度越好，其造型也越简单；相反，造型好硬度一般相对低。因此，作为奇石来说，其存在质地和造型的矛盾。如果在一块木化石中，二者相互统一，则其石必美。目前由于“质、形、色、纹”的现代赏石观被许多人所接受，许多奇石爱好者，特别是初涉此行的一些人，过于强调木化石的质地、光泽等，而忽视了其外在的形态。特别是对于硅化木，因其光泽好、硬度高，被许多人大量购入。笔者认为这种观点和认识切不可取，因为同一品种的硅化木，一般很多，有时甚至有成千上百吨，它的光滑度、颜色、质地可以说是相同或相近，不同的只是它的大小和造型，而造型好的又很少。因此，在收藏和鉴赏硅化木时，应首先把握其造型，那些长方形或圆形，没有经过强烈风蚀等物理变化的硅化木并没有什么很高的收藏价值，只有那些经过大自然强烈风蚀或沙磨，具有深厚的意蕴，质地坚硬润泽有一定主题或艺术性的木化石才是一块精品木化石。
目前，在新疆奇石的收藏和鉴赏中，有许多奇谈怪论和一些人坚持的所谓标准，有些人过于强调硅化木质地和化石性，贬低其他石种的收藏，认为在奇石中硅化木的收藏价值最高。没有不好的石种，只有不好的石头，世界上如果有两块完全相同的石头，那么也许硅化木质地和一般的相比科学性上的收藏价值要高一些。但赏石的意义不在于石头的质地，而在于其精神和文化等内涵的价值。如果我们明白了本和末的位置，也许就不会有石种偏见。
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